Есть ли различия в работе интеграции Контура и СБИС?

Да, интеграция со СБИС и с Контур.Экстерн работает по-разному. 

СБИС передает в FinKoper информацию только об уже отправленных отчетах и полученных требованиях от ИФНС, Росстата и СФР. Для других получателей отчетности СБИС интеграцию не поддерживает. СБИС также не передает календарь отчетности, поэтому календарь по каждому клиенту нужно формировать в FinKoper и после того, как отчет будет отправлен в СБИС — статусы его прохождения будут отображаться в FinKoper. При получении требования в FinKoper будет создана задача с логотипом СБИС.

Контур передает налоговый календарь клиента сразу после подключения интеграции, поэтому налоговые задачи Финкопера заменяются на задачи Контура и в календаре сразу появляются задачи с иконкой с буквой "К". Задачи меняют статус и завершаются по мере прохождения документооборота в Контуре и завершаются автоматически.